1954-cü ildə həbsə alınıb, istintaqa cəlb olunmuş, Bakıda 12–26 aprel 1956-cı il tarixdə keçirilmiş məhkəmədə məhkəmənin hökmü ilə ən ağır cəzaya – güllələnməyə məhkum edilmiş və rəsmi məlumata görə hökm yerinə yetirilmişdir. \ After Stalin's death in March 1953, Baghirov was accused of conducting repression, arrested in 1954, and tried and sentenced to death by the Military Tribunal of the Soviet Union. In his final 17-minute speech before the court, he favored the sentence and refused to apply for any pardon. Baghirov was executed in 1956.